Bij Koninklijk Besluit van 6 juli 1806 werd P. van der Heim benoemd tot directeur-generaal van Koophandel en Koloniën. Op 29 juli 1806 werden de Raad der Aziatische Bezittingen en de Raad der Amerikaanse Bezittingen (waaraan sinds 1801 het West-Indisch Comité was toegevoegd) afgeschaft en per 1 augustus 1806 verenigd in het Ministerie van Koophandel en Koloniën, ondergeschikt aan koning Lodewijk Napoleon.

Het ministerie bestond uit een Eerste Divisie voor de Oost-Indische Zaken, een Tweede Divisie voor de West-Indische Zaken en een Derde Divisie voor de Koophandel.

De reorganisatie, voornamelijk bedoeld om Koloniën onder éénhoofdig gezag te brengen, zou slechts tijdelijk zijn. Op 14 januari 1808 werd het Ministerie van Marine en Koloniën opgericht. Het bestond uit een Algemene Directie voor de boekhouding van het ministerie, een Tweede, Derde en Vierde Divisie voor marine, een Vijfde Divisie voor het toezicht op de militaire strijkrachten in de koloniën, een Zesde Divisie voor het bestuur van de koloniën en een Zevende Divisie voor de verkoop van koloniale producten.

In november 1808 werd de organisatie vereenvoudigd. Naast de Algemene Directie voor de boekhouding van Marine en Koloniën werden een Eerste en Tweede Divisie voor Marine ingesteld, een Derde Divisie voor civiele, militaire en politieke aangelegenheden in de koloniën (de voormalige Zesde Divisie), een Vierde Divisie voor de verkoop van koloniale producten en bevoorrading van de kolonieën (de voormalige Zevende Divisie).

Na de inlijving van Holland bij Frankrijk werd het ministerie bij Keizerlijk Decreet van 27 juni 1810 per januari 1811 deel van het Franse ministerie van Marine en Koloniën.